Nekoliko vjernika koji su na razne načine čuli Riječ i odazvali se na Božji poziv postojalo je još od 1950 godine i tih par ljudi se prvi puta sastalo u Mostaru nekada 1956. Tek su 1975 dobili starješinu koji je zajedno sa obitelji preselio u Mostar, zaposlio se i počeo učeništvo i redovito sastajanje, ali i potragu za javnim prostorom za djelovanje i okupljanje.

To se dogodilo 1984 godine otkada se crkveni prostor i nalazi u rodnoj kući Alekse Šantića u Brankovcu. Vjernika je do rata 1992 bilo dvadesetak, a bili su iz cijele okoline Mostara do Čapljine, a oko 200 ljudi je u tom periodu posjetilo crkvu i većina prvi puta čulo evanđelje. Članovi crkve su bili poput jedne porodice, okupljali su se često i prema potrebi, išli jedni drugima kući na ručak, te iako malobrojni bili su jako jedinstveni. Radili su razne društvene aktivnosti kao posjete staračkom domu ili sirotištu, te pomaganju napaćenom narodu pod režimom Čaušeskua u Rumuniji, a duhovne aktivnosti pored molitve i bogoslužja bile su podjele knjiga, radio gostovanja, pozorišni dogadjaji ili pjevanje duhovnih pjesama. Redoviti sastanci su se rijetko propuštali, a na seminare i duhovnu nadgradnju putovalo se daleko u danas susjedne države, ali sa velikom radošću i požrtvovanjem.

U ratu 1992, zgrada je bila uništena skoro u potpunosti. Vjernici su nastavili rad na drugoj lokaciji u gradu u iznajmljenom prostoru jednog TV servisa, ali je određen broj vjernika završio svuda po svijetu. To je bio novi početak i zbog rata i gladi, radilo se jako puno na dostavljanju humanitarne pomoći svim ljudima u potrebi. Tada je grad podijeljen na ono što se do danas naziva istočni i zapadni Mostar.

Crkvena zgrada je tako ostala na tom istočnom dijelu i par je vjernika obišlo zgradu početkom 1995 godine i tada je lagano počela duhovna i materijalna obnova, te povratak u Brankovac. Dolaskom na ruševine, počelo se graditi, ali i počele su razne službe poput dječijih kampova, sporta na novom igralištu, te sve uobičajene crkvene aktivnosti, a podjela humanitarne pomoći kroz organizaciju Agape bila je jedna od najvećih službi, i izrazito potrebna zbog općeg siromaštva u to vrijeme.

Već oko 1997 uslovi za korištenje zgrade su bili dosta dobri za to vrijeme, a bilo je i dosta vjernika iz Mostara i cijelog svijeta koji su zajedno pomagali ne samo obnovu crkve nego i grada i ratnih rana.

Od tada crkva je nastavila svojom radom i stupanjem na snagu novog zakona o vjerskim zajednicama i crkvama, crkva u Brankovcu postala je pravni subjekt 2007 pod okriljem Evanđeoske crkve u Bosni i Hercegovini, denominaciji crkava kojoj pripadamo. Stavljanjem crkvene zgrade u funkciju intezivirane su aktivnosti poput molitvi i bogoslužja, rada s mladima, tečajevi jezika i mnoge druge aktivnosti. Odgovarajući na izazove u sadašnjici, a u skladu sa poslanjem koje crkva ima, EC Brankovac je nastavila tradiciju brige za one najugroženije, te početkom 2014. kupila plac u Humilišanima, a danas taj rad osim podjela pomoći uključuje i viziju održivog humanitarnog rada kroz projekat "Centar za brigu" u kojem crkva obrađuje poljoprivredno zemljište i plodove koristi za humanitarnu pomoć. Budućnost nosi i odgovornosti da se u svakom vremenu pronađe načina dijeliti ljubav Kristovu za sve ljude i moliti iskreno "dođi kraljevstvo Tvoje i budi volja Tvoja, kako na nebu tako i na zemlji".